بسياري از زوج هایی که این اختلالات کروموزومی را دارا هستند،‌ بدون استفاده از PGD هرگز موفق به بچه‌دار شدن نخواهند شد. اکنون در تشخیص پیش از لانه گزینی با استفاده از تکنيک FISH می ­‌توان بسياري از اين اختلالات کروموزمی را تشخيص داد.

در ابتدا PGD فقط برای ۵ اختلال کروموزومی شایع (شامل کروموزوم های X،Y،۱۳،۱۸،۲۱ ( انجام می شد که در مراحل بعدی برای ۸ تا ۱۲ کروموزوم (شامل X،Y، ۱۳، ۱۸، ۲۱، ۱۶، ۱۷، ۱۸، ۱۵، ۲۲، ۲۰، ۱۲(  انجام شد که از این طریق امکان تشخیص ۷۰ تا ۸۰ درصد ناهنجاری های کروموزومی فراهم شد و در حال حاضر با بهر گیری از روش جدید پی جی دی  می توان سلامت ۲۴ کروموزوم را تایید کرد.

اختلالات کروموزومی در روش PGD، به دو دسته تقسیم می گردند

اول :  اختلالات کروموزومی  با مبنای عددی

به طور کلی ناهنجاری های کروموزومی یکی از اهداف پی جی دی،
غربالگری جنين­‌ها از نظر ناهنجاری ­‌های عددی کروموزومی است.
اين نوع PGD در زوجين ناباروری که سابقه IVF همراه با سقط­‌ های
مکرر دارند یا عزیزانی که چندين بار در اقدام به IVF با شکست روبرو
شده­‌اند و در مواردی که سن مادر بالاتر از 35 سال باشد، صــورت می­‌گيرد.

بررسی ها نشان میدهد که از دلایل پايين بودن ميزان موفقيت IVF در خانم ها
با سن بالا، ایجاد اختلالات کروموزومی در تخمک است. با استفاده از تکنيک
FISH می­توان جنين‌‌ها را پيش از لانه‌گزينی برای ناهنجاری­‌های کروموزومی
خاص غربالگری کرده و فقط جنين­‌های که دارای کروموزوم­‌های طبيعی هستند
را انتخاب نمود. به اين ترتيب می­توان ميزان لانه‌گزينی را افزايش داد و از ميزان
سقط­‌ های خودبخودی کم کرد.